怀孕40天如果不愿意继续妊娠，可以在做完B超以后选择清宫也就是人流手术，在清宫以后可以通过以下几方面的办法判断是不是干净。

第一，注意的强度和时间，如果清宫比较干净时一般腹痛只会持续3~5天，而且这种疼痛感会逐步缓解.

第二，要注意阴道流血量和流血时间,如果清宫比较干净的情况下，流血时间比较短，一般一周左右流血就会停止，而且流血量逐步减少，颜色由鲜红色转变为黑褐色。

第三，最主要判断清宫是否干净的方法就是做B超，一般在清宫以后两周左右做B超，就能够明确是否存在残留。