怀孕40天如果流褐色分泌物，只能提示有流产的倾向，并不能作为判断生化妊娠的主要指标。

生化妊娠是一种特殊的流产，是指怀孕早期只通过抽血化验，发现HCG水平上升，但是随后自然下降，做B超时没有看到孕囊。

40天时流褐色分泌物有可能是正常的宫内孕，只是表现为轻微的先兆流产，也有可能是宫外孕表现出来的阴道流血，也有可能是生化妊娠，所以这种临床表现的原因是非常多的。至于具体是什么病因，需要做B超、抽血化验HCG、孕酮共同判断，只有符合某一方面的诊断标准时，才能够做出诊断。