小儿手足口病大部分可以根据孩子有发热、伴手、足、口腔、臀部等部位的皮疹，可以做出临床的诊断。

但也有少部分重症病例，由于皮疹不典型，临床诊断相对困难，需要结合病原学或者血清学检查来做出诊断，临床常用的检查有血常规、血生化、血气分析、腰穿脑脊液的检查、肠道病毒抗原的检查、肠道病毒抗体的检测、胸部X线检查、头颅磁共振检查等。