小儿手足口病潜伏期大多为2-10天，平均为3-5天。

在潜伏期往往表现为倦怠、食欲下降、有低热、身体不适、腹痛等前驱的症状，在发热1-2天后可以在口腔黏膜出现散在的疱疹。在手、足、臀部等部位出现红色的小斑丘疹或者疱疹，部分病例仅仅表现为皮疹或者疱疹性咽峡炎，也有个别病例没有皮疹的情况。