呼吸不畅后脑勺痛有可能是神经衰弱、植物神经功能紊乱、不良的生活方式、吸烟、酗酒、熬夜、过度兴奋、焦虑、抑郁、呼吸困难的疾病、脑血管疾病，造成的颅内占位、颅内肿瘤、脑炎、脑膜炎、蛛网膜下腔出血，脑梗塞都可以诱发呼吸不畅后脑勺疼，需要进一步行头颅CT、头颅磁共振检查，排除颅内疾病和脑血管疾病。

呼吸不畅后脑勺疼，也有可能是感冒、发烧、肺内感染造成的，这些情况可以诱发肺部缺血、缺氧和脑组织缺血、缺氧，诱发头痛、呼吸不畅。