蛋白尿的主要原因是肾脏受损以后，原来不能透过肾脏滤过膜的大分子蛋白质，通过受损的肾脏滤过膜漏出引起的。尿蛋白没有了，但还有微量蛋白，一方面可能是经过治疗，肾脏滤过膜的损伤好转了，大分子蛋白漏出减少了。但是还能有极少的蛋白漏出来，就会仍然有微量蛋白。

另外，肾脏滤过膜损伤完全好转了，大分子蛋白不能再漏出来，或者一部分病人病情加重。滤过膜发生硬化、纤维化，大分子蛋白也无法漏出了。但这个时候可能因为还存在肾小管的损伤以及肾小管分泌活动，尿中还会存在肾小管性的蛋白尿。比如β-2微球蛋白、视黄醇结合蛋白等等，也会仍然存在微量蛋白。