肠套叠一旦形成，仅有很少一部分的小肠套叠可以自行复位，而位于套入结肠或复套的，一般不能自行复位，需要进行灌肠疗法或者手术治疗。灌肠疗法是指肠套叠在四十八小时之内，全身情况良好，腹部不胀，无明显脱水及电解质紊乱，可以采取气钡灌肠疗法。如果病程超过四十八小时，全身状况差，有脱水、精神萎靡、高热、休克等症状，有高度的腹胀，腹膜刺激征，有多次套叠，已有器质性病变者，小肠型肠套叠等情况需要手术治疗。