肠套叠一旦形成，仅有很少部分的小肠套叠可以自行复位，由于鞘层肠管持续痉挛，致使套入部肠管发生微循环障碍，初期静脉血流受阻，组织充血水肿，静脉曲张，粘液细胞分泌大量粘液进入肠腔，与血液及粪质混合呈果酱样胶冻状物排出。肠壁水肿，静脉回流障碍加重，使动脉受累，供血不足，并出现全身中毒症状，严重者可出现肠穿孔和腹膜炎。