肠套叠的临床表现，主要是腹痛、呕吐、血便和腹部包块。腹痛常为阵发性规律性的发作，表现为突发剧烈的阵发性绞痛，患儿出现哭吵不安，屈膝缩腹，面色苍白，持续数分钟或更长时间缓解，间歇十到二十分钟伴有肠蠕动又会出现反复发作。呕吐为早期的临床症状，初期为乳块或食物残渣，后期可以含有胆汁及粪便样液体。血便是为重要的症状，出现症状最初几个小时，大便可正常，约百分之八十五的病例在发病六到十二个小时，排出果酱样粘液血便。腹部包块多在右上腹棘肋下，可扪及轻微触动的套点样肿块。