如果是有一些相对比较小的巧克力囊肿，是可以做试管婴儿的，但是如果说巧克力囊肿比较大的情况下，尤其是超过4cm以上的情况，通常一般建议在做试管婴儿之前，可以考虑先把囊肿进行剥除，这是由于当囊肿比较大的时候，一个可能会影响做试管婴儿的过程中取卵的过程，另外我们在做手术，在剥除囊肿的过程中，可以通过输卵管通液或者是盆腹腔的冲洗，可以一定程度的改善腹腔的局部微环境，对于试管婴儿之后的成功率增加还是有好处的。