乳腺内陷的主要原因是先天发育引起的，主要是先天性的肌肉缺损，乳管缩短，部分乳腺的组织纤维化挛缩，乳头平滑肌发育不强。其中乳腺导管短缩和组织纤维化挛缩是引起乳头内陷的主要原因，它可能引起乳头乳晕炎症和乳腺炎等疾病，严重的乳头内陷可导致内陷的皮肤黏膜伴有湿疹，可出现出血、糜烂，形成慢性炎症。乳头内陷严重的会影响母乳喂养，不论乳头偏平还是内陷，势必会影响婴儿的吸吮。由于乳汁不能排出而造成了积乳，可能会造成乳腺的脓肿。