临床上，鳞状细胞癌和鳞状细胞原位癌，并非完全相同的。鳞状细胞癌的范围更广一些，它包括了鳞状细胞原位癌，同时还包括鳞状细胞浸润癌。

鳞状细胞癌的治疗方式，包括手术、放疗、化疗、靶向治疗、免疫治疗等多种手段，对于早期的鳞状细胞癌或者是鳞状细胞原位癌，其根本的治疗措施是以手术为主。

而对于晚期的鳞状细胞浸润癌，则在根治性手术后，还需要给予术后的辅助化疗或者是放疗。而对于病期非常晚的鳞状细胞浸润癌，治疗上则是以化疗、靶向治疗为主的综合治疗。

鳞状细胞癌的转归和鳞状细胞原位癌也是明显不同的，原位癌是可以达到临床治愈的，而鳞状细胞癌多数情况下，不能达到临床治愈，治疗的目的主要是为了延长患者的生存时间，改善患者的生活质量。