大多数乳腺囊肿是不需要进行手术治疗的，只需要定期复查乳腺彩超或者乳腺钼靶。

对囊肿大于四厘米左右，影响到乳腺结构的需要手术切除，在手术的时候还需要注意将乳腺囊肿完整切除，因为不完全切除的话容易复发；有些恶性的肿瘤，例如乳腺粘液腺癌也是以囊肿为主的，这些囊肿会出现囊壁增厚，出现这个的时候需要行乳腺细胞学检查，明确诊断后行手术治疗。