支原体肺炎和新冠肺炎最主要的区别，在于两者的致病原不一样。支原体肺炎的致病源，主要是由于支原体感染引起的；而新冠病毒肺炎它的病原主要是由于，新型冠状病毒感染引起的。

从症状学角度讲，支原体肺炎主要表现为咳嗽、干咳，可以有一种低烧或者是中等度热的情况，一般不会出现呼吸衰竭。而新冠肺炎病人表现为咳嗽、高热、患者极易出现呼吸衰竭，而出现生命危险，两者的预后是截然不同的。