癫痫主要是中枢神经系统的病变引起的，如：脑结构异常和影响脑功能的各种因素，如染色体异常，先天心畸形，围生产期的损伤、颅脑外伤中枢神经系统感染、中毒、脑肿瘤、脑血管病、代谢性遗传性疾病、变形病等遗传可能起到一定的作用。 除了这些原因以外，查不出原因的原发性癫痫一般都是基因突变，或者是基因异常造成的。