肠瘘是指肠管之间、肠管与其它脏器之间，或者是体外出现的病理性通道，造成肠内容物流出肠腔，引起感染，引起的一些病理、生理改变，肠瘘可分为内瘘和外瘘两大类。

而肠穿孔是指肠管病变穿透肠壁导致肠内容物流至腹膜腔的一个过程，是许多肠道疾病引起的一个严重并发症，可引起弥漫性腹膜炎等表现。 肠穿孔主要是指如消化道穿孔、结直肠肿瘤的穿孔，或者是绞窄性肠梗阻引起的穿孔，或者是伤寒疾病，或者是肠道结核引起的穿孔，多是指这类疾病。

而肠瘘是指的一些像手术以后的肠道吻合口的一个瘘，或者是肠道出现了感染引起的一种疾病。 所以这两者之间是有区别的，按照发病的机制、病理的改变，还有发病的原因决定的肠瘘与肠穿孔之间存在着区别。