囊肿如果出现了疼痛，怎么处理要根据囊肿的部位来决定。如果患者是肝囊肿引起了疼痛，可以考虑行肝囊肿开创引流术，或者B超引导下囊肿穿刺引流术。如果是表浅的皮脂腺囊肿引起了疼痛，可以选择局麻下做皮脂腺囊肿切除术。如果囊肿并发了感染形成脓肿，需要做脓肿切开引流术。所以综上所述，囊肿痛怎么办，要根据囊肿具体的病情，来制定相应的治疗措施。