脑干出血最常见的原因是高血压病，高血压病可以导致小动脉发生硬化，长期血压冲刷使动脉管壁发生玻璃样变，在血压波动时，病变处容易向外膨出，形成微小动脉瘤；血压剧烈升高时有可能会导致的小动脉瘤破裂出血，此外，脑干出血还有可能有脑血管畸形，或者是脑海绵状血管瘤引起，这种出血一般没有小动脉瘤破裂出血所引起的症状突然和剧烈，往往表现为慢性渗血，第三，一些血液凝结机制方面的异常也有可能引起脑干出血，比如血友病、特发性血小板减少性紫癫、再生障碍性贫血或者白血病等。