脑干出血是非常严重的神经系统疾病，脑干是人体的生命中枢，所有的神经传导束都要经过脑干连接脊髓，来指挥身体的活动，脑干的面积较小， 一旦发生损伤，即使是很小范围的出血，也会引起严重的功能障碍。

脑干出血量如果在五毫升以下，患者预后尚可。经过积极治疗，大多数可以保住性命，但也会出现严重的神经系统后遗症，有可能四肢瘫痪，长期留置胃管。

如果出血量超过五毫升，则极其凶险。患者往往因为呼吸和循环中枢受损，而出现中枢性的呼吸循环衰竭、脑疝形成，即使经过抢救治疗，仍然有部分患者会死亡。