脑干出血常常会引起比较严重的后遗症，因为脑干是人体的中枢部位，所有的神经传导束都要通过脑干传出，来支配身体的运动，其面积较小，即使发生小范围的损伤，也会引起明显的临床症状。

其后遗症最常见的一般为颅神经损害体征，包括周围性面瘫、眼球运动障碍、复视，有明显的吞咽障碍，饮水呛咳、吞咽困难、构音障碍、言语不清明显，还往往会引起四肢瘫痪，有不同程度的四肢肌力下降，严重者完全不能活动。