疱疹性咽峡炎和扁桃体化脓是属于两种不同的疾病，发病的原因也是不一样的。疱疹性咽峡炎主要是因为疱疹病毒感染导致的，而急性化脓性扁桃体发炎是由于细菌感染导致的，临床症状也是有区别的，疱疹性咽峡炎可以表现为咽喉疼痛，但是咽喉部里面是会有散在的，或者是多发性的疱疹。而扁桃体化脓一般是没有疱疹的，主要是在扁桃体区域有红肿，表面有脓性的分泌物。因此这是两种不同的疾病，治疗方法也是不一样的，需要定期复查，观察效果。