小孩便秘的原因有器质性的也有功能性的，器质性的病变包括直肠肛门病变、代谢性疾病、神经系统疾病、肠管平滑肌或结肠神经肌肉病变，还有一些神经心理障碍等等。 功能性的便秘病因尚不明确，发生与多种因素有关，包括进食量少或食物缺乏纤维素，或水分不足对结肠运动的刺激减少，还有是精神因素干扰了正常的排便习惯，结肠运动功能紊乱，从而导致便秘，排便推动力不足或者是滥用泻药等等一些因素。