便秘的治疗为积极的治疗原发病，对于单纯性功能性便秘，应重点放在改善饮食的内容，多补充水份和含纤维素多的食物，如谷物、蔬菜，同时养成良好的排便习惯，酌情考虑使用便秘药物，对于人工喂养的积极添加番茄汁，含糖的菜水、蔬菜泥等食物，对于母乳喂养的要在母乳中增加糖的含量为百分之八，并加喂果汁、水果等食物。 训练排大便的习惯，一般三个月以上可以积极的训练，鼓励多运动、多进食纤维素食的食物，按时上厕所，养成良好的排便习惯，在功能训练和饮食调理无效的情况下，可选用通便润肠的药物，但常常作为临时使用而不长期使用。