婴儿拉肚子造成的原因很多，总体来回说归于两大类，第一类就是内因，第二类就是外因，就内因来说，首先婴儿肠道消化液本身比成人分泌的少，其消化道黏膜免疫屏障功能也差，而且婴儿的肠道微生态系统建立不健全，这些决定了婴儿相比大龄孩子、成人更容易出现腹泻。

其次，就是外因因素，外因因素中绝大部分是非感染的因素，比如受凉感冒、饮食不当、乳糖不耐受、牛奶蛋白过敏以及其他食物过敏等，是最主要的因素。

有不到20%左右的婴儿拉肚子是由感染因素引起的，但是在感染因素中，绝大部分都是病毒感染，尤其是肠道病毒，如轮状病毒、诺如病毒、卡萨奇病毒等感染，只有少部分是由细菌感染、真菌、寄生虫感染引起，此外，还有部分孩子拉肚子是因为继发于其他全身系统的疾病，比如肺炎、颅内感染、脓毒血症之后，容易出现消化道症状，如拉肚子。