婴儿拉肚子的原因很多，绝大部分拉肚子不是感染因素引起的，可见于受凉、饮食不当、喂养不当、牛奶蛋白过敏、乳糖不耐受等情况。

其次有少部分是有感染引起的，在这部分感染引起腹泻的病人中，80%以上是由病毒感染引起的，比如轮状病毒、诺如病毒、柯萨奇病毒、腺病毒等，这一类病人都是不需要用抗生素的，只有少部分孩子是由细菌感染引起，如果考虑是侵袭性细菌感染引起肠炎的话，才需要用抗生素。

还有部分小孩是由真菌、寄生虫等感染引起，也有部分小孩腹泻的原因可能与使用抗生素有一定的关系，也有部分小孩是与其它系统的疾病相关，比如肺炎、脓毒血症、败血症、颅内感染可以引起消化道症状出现拉肚子。