婴儿拉肚子的原因主要表现在两个方面。

首先在内因方面，因为婴儿相对于大一点的孩子来说，其消化系统发育还不成熟，微生态系统平衡尚在不断建立完善之中，所以胃肠道的防御功能差。

就外因来说，婴儿容易拉肚子，首先就要是喂养和护理不当。其次还有食物过敏或者吸收不良的因素，部分的小孩与不当使用抗生素有一定的关系。

最后就是感染因素引起婴儿拉肚子，其中80%以上的感染因素中是肠道病毒感染。如轮状病毒感染、诺如病毒感染、柯萨奇病毒感染等等。其中占少部分的是细菌感染，常见大肠埃希氏菌感染、空肠弯曲菌感染、鼠伤寒沙门氏菌感染等等。还有很少一部分属于真菌感染或者寄生虫感染，更多的表现在其他的疾病，如肺炎，败血症等胃肠道的症状之中。