婴儿发烧的原因很多，通常考虑为感染性疾病，病原性中由病毒感染性疾病占绝大多数，其次是细菌感染性疾病。部分孩子可能是肺炎支原体、衣原体、结核菌、真菌、寄生虫等感染的可能。

就引起婴儿发烧的疾病来说，常见的有呼吸道疾病，如急性上呼吸道感染、支气管炎或者肺炎。还有一个常见的原因就是胃肠道感染，通常见于肠道病毒感染引起的急性胃肠炎，也可以见于肠道细菌感染或者是寄生虫感染引起的胃肠炎。

还可以见到部分的宝宝可能因为皮肤的疖肿、局部的感染，也可以引起发烧。少见的原因有肿瘤性的疾病，也可以引起发烧。