婴儿咳嗽的原因很多，大体上分为感染性的因素和非感染性的因素，在感染性因素引起咳嗽的原因中，最常见的是呼吸道病毒感染引起的急性上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等，部分孩子可能是细菌、支原体、衣原体，甚至真菌等感染引起的支气管炎或者肺炎的情况。

非感染因素中，对于婴幼儿来说常见的就是胃食道反流，也可以引起咳嗽，部分孩子还可能是饮食的因素，比如食物过敏，也有部分孩子是因为其他的因素，比如螨虫过敏等引起的过敏性咳嗽。当然，还有部分孩子也是因为有慢性基础性的疾病，比如慢性的鼻炎、鼻窦炎，先天性心脏病或者先天性的肺发育异常，也可以出现长时间的咳嗽。