婴儿拉稀的原因其实很多，首先是基于婴儿其本身生理特点的原因，因为这个时候的婴儿其肠道微生态系统建立不健全，肠道免疫粘膜功能较差，因此，容易受到外界环境因素的影响，引起拉稀。

其次，是外因，通常常见的原因是非感染性的，常见于饮食不当、食物过敏、乳糖不耐受等情况，少部分为感染因素所致，在感染因素中80%属于病毒感染性疾病，比如轮状病毒感染、诺如病毒感染、卡萨奇病毒感染等，少部分为细菌、真菌、寄生虫等感染。

还有一部分婴儿拉稀是基于其他系统疾病在消化道症状方面的表现，比如肺炎、败血症等就可以出现婴儿拉稀等消化道表现。