肾病综合征的主要并发症，包括感染、血栓栓塞、急性肾衰竭以及代谢紊乱。

肾病综合征患者由于存在营养不良、免疫状态异常、激素以及免疫抑制剂的应用，感染的机会增加，感染部位多发生在呼吸道、泌尿系统和消化道，而常见的致病菌有肺炎球菌、溶血性链球菌和大肠埃希菌，常会引起呼吸道的感染以及胸膜炎。

而血栓栓塞是肾病综合征常见的，甚至严重致死性的并发症之一，临床上主要以肾静脉和深静脉的血栓最为常见。 部分可以呈现典型的肺梗死的表现。

急性肾衰竭是肾病综合征的主要并发症，可以发生在肾病综合征的不同阶段，但以疾病初期和肾病未完全缓解时发生率最高。

肾病综合征患者因为存在明显的低白蛋白血症，蛋白代谢成负平衡，所以会出现代谢紊乱，造成营养不良、贫血、机体抵抗力的下降以及生长发育迟缓等等。