近些年来，随着药物的发展以及诊断治疗水平的提高，大部分病毒性脑炎会取得良好的预后，很多病人是不会留下后遗症的。但是如果起病的时候症状非常严重，比如患者出现了昏迷、认知功能障碍、癫痫等疾病，那预后就相对差一点了。

病毒性脑炎的后遗症主要包括：第一，认知功能障碍，患者表现为智力的下降，比如记忆力、计算力的明显减退，学习新东西的能力会出现一个明显的下降；第二，可能会出现癫痫发作，患者可能会出现意识丧失、四肢抽搐、口吐白沫、大小便失禁等常见的强直性阵挛发作；第三，病毒性脑炎会影响患者的精神状态出现改变，出现一些行为改变，比如一些内向的病人可能会变得外向，一些外向的病人可能会变得沉默寡言。