母乳性黄疸的发病机制尚不完全明确，目前缺乏实验室检测手段确诊母乳性黄疸，母乳性黄疸又分为早发性母乳性黄疸和晚发性母乳性黄疸，早发性母乳性黄疸在生后一周以内的纯母乳喂养的新生儿出现了黄疸，血中胆红素超过传统的正常的生理范围的黄疸标准，一般认为它的发病原因可能与能量摄入不足，喂养频率及哺乳量少有关，发病机制与肠蠕动减少、肝肠循环增加有关，所以早发性母乳性黄疸是需要增加哺乳的频次，另外如果是母乳实在量不够，可以适当地补充配方奶的喂养。

晚发性母乳性黄疸是指生后一周以上的纯母乳喂养的正常新生儿出现了黄疸，黄疸的值超过正常的生理范围，其发病机制推测为母乳中的葡萄糖醛酸苷酶的含量高，苷酶在肠道内通过水解结合胆红素成为未结合胆红素，使胆红素回收增加，从而导致黄疸升高，另外纯母乳喂养的新生儿，体内缺乏转化结合胆红素的菌群，肠道内这种菌群缺乏会使肠肝循环的负担增加，然后导致黄疸的加重，另外母乳性黄疸有研究表明，跟遗传是有一定的联系的。目前母乳性黄疸具体病因尚不明确，发病机制也是不明确的。