目前母乳性黄疸的发病机制和发病的病因尚不完全明确，根据他的发病时间，分为早发性母乳性黄疸和晚发性母乳性黄疸。早发性母乳性黄疸常见于一周以内的新生儿，是由于母乳喂养不够有关，由于母乳量摄入不足，导致他的大便排除延迟，从而使肠肝循环增加，胆红素升高，所以就会出现黄疸。晚发性母乳性黄疸一般是在纯母乳喂养的宝宝，一般是生后一周以后开始出现，两周达高峰期，持续时间可至八到十二周，一般认为他的母乳里面含有葡萄糖醛苷酶的量较多，这种酶能够导致结合胆红素的分解，使黄疸经过肠道重吸收，从而增加胆红素的水平。另外母乳喂养的宝宝，他可能肠道里缺乏胆红素转化的一个菌群，从而使胆红素吸收也是增加。另外母乳性黄疸可能是跟基因有关系的。目前它的原因尚不十分明确，母乳性黄疸他的诊断也缺乏实验室的诊断标准，是需要根据他的临床表现来判断是不是母乳性黄疸。