前庭大腺囊肿的形成是因为前庭大腺腺管开口部分堵塞，分泌物积聚于腺腔内而形成的。前庭大腺腺管阻塞的原因有前庭大腺脓肿消退后，腺管堵塞，脓液吸收后，由于粘液分泌物而替代形成囊肿。

分娩时，会阴与阴道裂伤后疤痕阻塞腺管开口，或会阴侧切手术后损伤腺管开口，造成前庭大腺腺管堵塞，粘液也无法排出而形成囊肿。