宫颈纳氏囊肿是宫颈糜烂在愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管开口，或深入到宫颈腺管将宫颈腺管口堵塞，腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成，压迫腺管，使腺管变窄甚至堵塞，腺体分泌物排出受阻、潴留，形成囊肿。部分纳氏囊肿可能发生于生理性的宫颈糜烂愈合时，而不是宫颈炎的表现而形成的。