子宫囊肿大部分是由于子宫内膜异位症引起的，也就是子宫内膜在肌层内生长，随着来月经出现激素的撤退，就会出现子宫内膜的出血，由于长在子宫的肌壁间，所以就会出现囊肿，也就是子宫的腺肌病，这种疾病会出现严重的痛经。

但是子宫肌瘤是在子宫的肌层内形成的一种良性的结节，这种肌瘤如果小，病人一般没有感觉的，但是如果是子宫肌瘤比较大，是需要做手术治疗的，子宫肌瘤痛经并不是很严重，有的人也没有痛经的现象。

子宫囊肿在B超下可以没有回声的地方，而子宫肌瘤可以看到实质性包块；子宫囊肿痛经严重，而子宫肌瘤痛经不明显；子宫囊肿需要手术治疗，而子宫肌瘤可以先观察治疗。