巧克力囊肿经期的主要症状是痛经比较明显，有时候会出现恶心和呕吐。如果是囊肿比较大的话，有可能会出现巧克力囊肿破裂，症状就比较严重，会持续出现下腹部的疼痛，是需要做手术治疗的。

如果巧克力囊肿比较小，来月经的时候可能会出现轻微的痛经，但是如果是巧克力囊肿出现痛经严重的话，还是需要做手术治疗的。巧克力囊肿就是子宫内膜异位症，这种疾病等到绝经以后，就会减轻或者是消失。