巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症，由于子宫内膜异位到了卵巢所形成的囊肿。那么它主要的症状，同样的会出现下腹痛和痛经，典型的表现就是一个继发性的痛经，进行性地加重。少数还可以表现为持续性的下腹痛，经期加剧。当然，也有可能有一部分的患者没有痛经这一点的表现。

另外患者常常出现不孕，那么内异症患者当中不孕率可以高达40%，还有可能出现性交不适，表现为深部的性交痛，月经来潮前的性交痛是最为明显的。还有可能出现月经异常，当病人出现子宫内膜异位囊肿破裂时，还可以出现急腹症，急性腹痛的表现。