女性患有巧克力囊肿是否需要手术，和女性的具体年龄、对生育的要求、巧克力囊肿直径大小，以及一些具体的临床表现有直接的关系。

比如有的女性比较年轻，临床症状比较严重，巧克力囊肿直径大于3cm，并且有生育的要求，这一部分女性可以做巧克力囊肿的剔除手术，恢复卵巢正常的排卵，恢复盆腔的内环境，对于改善女性的不孕症是有一定帮助的。

还有一部分女性的巧克力囊肿直径比较小，并且女性并没有生育要求，临床症状并不是很严重，可以采取动态观察或者是应用药物来进行治疗的方法进行改善。