巧克力囊肿是和体内的雌激素相关的，所以只要卵巢有功能，只要是持续在分泌雌激素，巧克力囊肿就不可能很彻底的根治的。要根治巧克力囊肿是要导致卵巢功能衰退才可以的，一般不会单纯为了治疗巧克力囊肿，而使卵巢丧失功能。检查到有卵巢巧克力囊肿，主要是看具体的症状的，如果是体积比较小，症状轻微，不影响怀孕，一般是定期检查就可以，必要时候是要做手术的。