巧克力囊肿是要看大小，还有是不是有生育的要求来进行决定的。如果是年轻的女性有生育的要求，巧克力囊肿大于5cm，而且出现比较明显的症状，比如出现腹痛的厉害，那么肯定是要进行手术治疗的，要切除掉。如果是没有生育要求，而且这个巧克力囊肿小于5cm，症状不是很严重，是可以进行观察的。巧克力囊肿切除之后，可能还需要进行一些药物的注射，用GnRHa类药物注射这些药物之后，让卵巢得到休息，减少巧克力囊肿的复发的机会。

（请在专业的医师指导下进行用药）