巧克力囊肿一般是不会恶变的，这个病形成它是主要子宫内膜异位到卵巢，而形成卵巢巧克力囊肿。这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重趋势。这个病特点就是疼痛，月经期疼痛，但不会有恶变倾向，绝大多数是良性的。得了卵巢巧克力囊肿，治疗方法只能是通过手术，术后打针，防止巧克力囊肿复发。所以巧克力囊肿一般不是恶性肿瘤，是子宫内膜异位症的一种。如果子宫内膜异位到卵巢，未到子宫，会形成子宫腺肌症。所以这个病一般不会有恶变倾向，这个病影响生育，会导致不排卵，会出现卵巢排卵障碍。