女性患有卵巢巧克力囊肿，有可能会影响到生育的功能。当巧克力囊肿体积比较小的时候，对于生育功能通常影响不大。随着体积逐渐增大，它可以压迫正常的卵巢组织，引起排卵障碍，导致女性出现不孕症。此外，一些特殊类型的卵巢囊肿，比如卵巢巧克力囊肿，它还可以引起女性盆腔发生粘连。比如，出现输卵管功能的异常，导致出现输卵管因素的不孕。还可以改变女性的盆腔内环境，引起受孕困难。如果卵巢囊肿是恶性病变，或者是可以分泌性激素的囊肿。那么也可以影响到女性正常的排卵，导致不孕症的出现。