腰椎穿刺最大的风险主要在于，如果患者本身颅内压较高，行腰椎穿刺放出过多的脑脊液，就会导致出现颅内压下降过快，从而在颅内形成一定的压力差。脑组织从压力较高的地方向压力较低的低进行转移，如果嵌顿于局部的骨性孔道，就会导致出现嵌顿的内容物发生缺血、缺氧、变性、坏死，多数情况下见于枕骨大孔疝、小脑扁桃体下疝、小脑幕切迹疝等，往往会给患者带来生命危险。除此以外，还见于在穿刺部位容易造成感染，或者是造成局部皮下血肿。