男性系统性红斑狼疮的患者，在早期有可能会有一些轻型的症状为主，比如全身乏力、发热，关节肿痛颜面部红斑，以及口腔溃疡、脱发、口干、眼干之类的表现为主。但随着疾病的进展，有些患者会出现重要的内脏器官的受累。常见的会出现肺的间质病变，以活动后胸闷气喘为主要的临床表现。男性系统性红斑狼疮最早累及，也是最常累积的是肾脏系统，会出现水肿和大量的蛋白尿之类的症状。严重的患者也会出现狼疮脑病。