甲状腺肿在哪个科室就诊，要根据具体的情况来进行确定。比如，常见的引起甲状腺肿的有甲状腺功能亢进症，自身免疫性甲状腺炎里面的桥本甲状腺炎或者结节性甲状腺肿。此时，首先要在内分泌科进行就诊，进行初步的评估，之后才需要到相应的治疗科室，比如核医学科和外科进行治疗。而某些甲状腺癌出现甲状腺结节，也可以引起甲状腺肿。此时，如果是评估考虑恶性的情况，则需要在外科或者是甲状腺乳腺外科就诊。当然，一些比较小的结节或甲状腺肿，则在内分泌科评估，定期复查也是可以的。