桥本甲状腺炎是甲状腺炎中最常见的临床类型，90%以上发生于女性，桥本甲状腺炎也是原发性甲状腺功能减退症最主要的原因。目前认为，桥本甲状腺炎是由遗传和环境因素共同作用，而引起的自身免疫性甲状腺疾病。桥本甲状腺炎的发病机制，并没有完全彻底地阐明。目前认为，桥本甲状腺炎属于一种多基因遗传病，其发病的关键因素是自身免疫。桥本甲状腺炎可与其他自身免疫性疾病，如干燥综合征、系统性红斑狼疮等同时存在。此外，桥本甲状腺炎还可以合并有遗传因素和环境因素。桥本甲状腺炎常常有家族聚集现象，比如常常在同一家族的几代人中发生，因此易感基因及遗传因素，在发病中起着一定的作用。桥本甲状腺炎可能会出现遗传，但是并不是说所有的桥本甲状腺炎都是由遗传得来的。