肾结核会逐渐蔓延至膀胱，导致膀胱结核。膀胱结核由于尿液排空不完全，容易发生感染和膀胱输尿管反流。另外合并慢性的输尿管梗阻的患者可以出现肾盂积水、感染，一侧或者是双侧输尿管梗阻可以出现肾积水、肾实质的损害，继而出现肾功能衰竭。有一部分的泌尿系结核的患者会合并肾结石，肾周积脓。少数患者会出现肾性尿崩症、肾小管酸中毒。男性的泌尿系结核通常伴有生殖系统的结核，可以出现附睾炎、血精、不孕症、精液减少。少部分的女性患者也可以累及生殖系统，表现为粘连性的输尿管炎，导致不孕，另外可以继发闭经、阴道出血和骨盆疼痛等症状。