脑栓塞和脑血栓的主要区别在于栓子的来源部位不同，脑血栓是由于脑血管硬化狭窄之后，在脑部逐渐形成的血栓，堵塞了脑血管而导致的脑血管供血区域的缺血、水肿、坏死而导致的疾病；而脑栓塞栓子的部位并不是在大脑形成，而是来源于身体的其他部位，最常见的是颈动脉斑块脱落，还有心脏的腹壁血栓。劲动脉斑块儿，特别是软斑块脱落之后，随着血液循环堵塞，大脑的血管形成脑栓塞，或者是房颤的患者，心脏的附壁血栓脱落之后，随着血液循环堵塞大脑的血管而导致脑栓塞，所以说他们的主要区别就是栓子的来源部位不同。