肩胛骨部位疼痛主要是由于外伤、姿势不良、颈椎病、肩周炎等疾病造成，所以对于肩胛骨部位疼痛的治疗，可以针对引起疼痛的原因，对症用一些药物治疗。

例如可以应用非甾体类抗炎镇痛的药物缓解疼痛，这一类的药物对于缓解轻中度的疼痛，能起到一定的作用。如果是外伤引起的疼痛，也可以应用活血化瘀、消肿止痛的药物促进恢复。如果是由于颈椎病引起的疼痛，还可以配合营养软骨的药物、营养神经的药物等药物治疗。

具体采用何种药物治疗，应该在医师的指导下，根据病情对症应用。